• RNA-Thermometer
• Regulierte Proteolyse
• Membran-Biogenese in Bakterien
• Bakterielles Prädationsverhalten
• RNA-SURIBA (only in english)

RNA-Thermometer

Strukturierte RNA-Segmente kontrollieren die Genexpression auf allen Ebenen. Viele bakterielle Hitzeschock- und Virulenzgene werden durch RNA-Thermometer (RNAT) reguliert. Diese molekularen Reißverschlüsse sind in der 5‘-untranslatierten Region von mRNAs lokalisiert und falten bei niedrigen Temperaturen in eine Struktur, die den Zugang des Ribosoms blockiert. Ein Aufschmelzen der Sekundärstruktur bei einem Temperaturanstieg auf 37°C (Virulenzgene) oder höher (Hitzeschockgene) legt die Ribosomen-Bindestelle frei und erlaubt dadurch die Initiation der Translation.

Regulierte Proteolyse

Die FtsH-Protease aus E. coli kontrolliert wichtige zelluläre Prozesse, wie die Hitzeschockantwort und die Lipopolysaccharid (LPS)-Biosynthese durch kontrollierten Abbau der beteiligten Faktoren. Die Hitzeschockantwort wird durch den alternativen Sigmafaktor RpoH (Sigma32) reguliert. Bei niedrigen Temperaturen wird der Sigmafaktor mit Hilfe des DnaKJ-Chaperonsystems durch FtsH abgebaut. Die LPS-Biosynthese wird durch den Abbau des Schlüsselenzyms LpxC kontrolliert. Wir interessieren uns für die Frage, wie FtsH seine Substrate erkennt und identifizieren die beteiligten Regionen in RpoH und LpxC mit Hilfe von genetischen und biochemischen Ansätzen.

Membran-Biogenese in Bakterien

Jede lebende Zelle ist von mindestens einer Membran umgeben, die eine Barriere darstellt und vor äußeren Einflüssen schützt. Wir interessieren uns insbesondere für die Biosynthese des Membranlipids Phosphatidylcholin (PC), das nur in wenigen Bakterien vorkommt, dort aber eine wichtige Rolle in der Stressresistenz und Bakterien-Wirtsinteraktion spielt. Wir untersuchen die Enzyme von drei verschiedenen PC-Biosynthesewegen, die entweder die Kopfgruppe modifizieren oder Fettsäureketten anhängen.

Bakterielles Prädationsverhalten

Räuber-Beute-Beziehungen spielen nicht nur bei höheren Tieren eine wichtige Rolle, sondern werden auch als Überlebensstrategie bei Bakterien beobachtet. Sogenannte „bakterielle Prädatoren“ töten gezielt Bakterien einer anderen Art ab, um deren Biomasse als Nährstoffquelle zu nutzen. Wir erforschen die molekularen Mechanismen, welche die spezifische Erkennung von Beutebakterien und deren Abtöten vermitteln, am Beispiel des sozialen Bodenbakteriums Myxococcus xanthus.

RNA-SURIBA

Welcome to the RNA-SURIBA homepage!

The database RNA-SURIBA contains RNA-secondary structure predictions and a set of additional
parameters for all upstream regions of all genes of diverse bacterial genomes.

It can be downloaded free of charge.

Details of the database are published in the article ‘Genome-wide bioinformatic prediction and
experimental evaluation of potential RNA thermometers’
by Waldminghaus, T., Gaubig, L. C., and Narberhaus, F.; Molecular Genetics and Genomics, 2007.

For other articles related to the database see publications.

Download options are specified in the manual.

Any comments and questions should be directed to E-Mail.

Datafiles

• The whole database RNA-SURIBA
• RNA-SURIBA Single Files (Overview)

Please contact us by mail and we will provide you with the datafiles.

Publications

Narberhaus, F., Waldminghaus, T., and Chowdhury, S. (2006) RNA thermometers. FEMS Microbiol Rev 30: 3-16.

Waldminghaus, T., Heidrich, N., Brantl, S. and Narberhaus, F. (2007) FourU – A novel type of RNA thermometer in Salmonella. Mol Microbiol 65(2): 413-24.

Waldminghaus, T., Fippinger, A., Alfsmann, J., and Narberhaus, F. (2005) RNA thermometers are common in alpha - and gamma -proteobacteria. Biol Chem 386: 1279-1286.

Manual

RNA Structures od untranslated Regions in Bacteria

Database description

The database RNA-SURIBA contains RNA-secondary structure predictions and a set of additional parameters for all upstream regions of all genes from 62 bacterial genomes.

Construction and content of the database RNA-SURIBA are described in detail in the article: Genome-wide bioinformatic prediction and experimental evaluation of potential RNA thermometers by Waldminghaus, T., Gaubig, L. C., and Narberhaus, F.; Molecular Genetics and Genomics, 2007.

RNA-SURIBA contains 62 tables, one for each genome. Tables are named according to the bacterial species (see table 1). Each table consists of 36 colums with the structure predictions, sequences, gene annotation data and calculated parameters for each structure (see table 2 for details).


Download RNA-SURIBA

We provide the database RNA-SURIBA in two different formats. First, a SQL-DUMP that allows the simple use of RNA-SURIBA with any SQL-server independently of the platform. Second, ASCII flat files of each table which provide the possibility to download only the dataset of interest and not the whole database. The order of rows in the flat files is consistent with the order in table 2.

Example for installing RNA-SURIBA from the DUMP-file on a postgresql system:

1. Start the SQL-server /usr/bin/pg_ctl -D /home/charly/database/postgresql/data -l /home/charly/tmp/logfile start
2. Create a database with the name RNA-SURIBA shell> /usr/local/pgsql/bin/createdb RNA-SURIBA
3. Read in the DUMP shell> psql RNA-SURIBA RNA-SURIBA.dump
4. Connect to the database RNA-SURIBA shell> psql RNA-SURIBA
   Additional Material

In addition to the database, drawings of the structures in GIF-format of each structure prediction are provided. The drawings are stored in one zip-file for every genome named after the corresponding genome (see table 1). The files are stored in folders named after the corresponding genome (see table 1). Each file is designated according to the start of the gene on the chromosome (column 2 in each RNA-SURIBA table) in combination with the folding number (column 6 in each RNA-SURIBA table).

Example:

For gene thrL from E. coli the gene start is 190 and structure prediction with the lowest energy of -11.0 represents folding 1. The corresponding file is stored as EC/Foldings/190_1.gif.